Updates

Pipeline 不再只能一把跑到 footprinting。推荐先跑到生物 QC，在 Myelin 里 Keep / Exclude，再继续 differential footprinting。

• 新 workflow：workflows/atac_preprocessing_qc.yaml（下载 → BAM/peaks → QC，并回传 Myelin）。
• 新 workflow：workflows/differential_footprinting.yaml（审完后继续；条件不变可复用 steps 5–7）。
• 旧的 workflows/atac_footprinting.yaml 仍可用（端到端、不经过网站 QC）。

Tutorial · QC-gated ATAC

SCC 跑完 preprocessing 后会把 QC 报告和路径推回 sample set。在 QC review 队列或 sample set 面板里给每个 run 标 Keep / Exclude。

• 顶栏新增 QC review；列表里也能看到 awaiting review / reviewed。
• 审完后可导出 samples.tsv (QC kept)：只含 Keep，并带上 SCC BAM/peak 路径供第二段 workflow。
• Human review zip 会附上 QC 指标与路径，方便线下对照。

打开 QC review

预处理 workflow 的最后一步会把 QC summary 打到网站。两边要配同一个 MYELIN_SCC_INGEST_TOKEN，submit 时带上 API URL 和 sample set id。

• Web：.env 里设 MYELIN_SCC_INGEST_TOKEN。
• SCC：export 同名变量，并传 --myelin-api-url / --myelin-sample-set-id。

看提交示例

Past searches 本来就有。这波主要改了打开一条历史之后的交互：结果仍留在 Past searches 里看，可以返回列表，而不是被塞回「新搜索」页。

• 点开某条历史后，仍在 Past searches 下浏览当时的结果。
• 可用「Back to history」或再点一次 Past searches 回到历史列表。
• 切回新搜索时，会清掉半截 sample set 草稿，避免状态串台。

打开 Search

AI notes 列本身一直在。现在多了重跑按钮：某一条写得不准时，可以只重跑这一条。

• 在 Sample set 元数据表的 AI notes 旁点刷新即可。
• 其他行不受影响。

打开 Sample sets

以前是下载 SOFT zip；现在改成同步按钮，主要是为了兼容更早建好的 sample set。用旧数据、开跑之前点一次即可，之后一般不用再点。

• 面向已有 / 更早的数据；不是每次导出前都要点的常规步骤。
• 新流程下通常不用反复同步。

打开 Sample sets

Human review 导出一直有。这波把原来的 pairs.review.tsv 换成了更好读的 Excel（可折叠看对比与 sample），方便线下审阅。

• 导出 zip 里用 pair_metadata_table.xlsx 代替旧的 pairs 审阅表。
• 可先看对比摘要，再展开看具体 sample；本地批注不会写回网站。

打开 Sample sets

没有新功能。主要是结果列表、侧栏和详情区的布局与滚动更顺一点，小屏也不容易挤。

打开 Search